تاسیس معاونت پژوهشی دانشگاه از سال 1368 بوده است و جناب آقای دکترمحمدباقراسلامی عضو هیات علمی گروه ایمونولوژی اولین معاون پژوهشی بودند . محل فیزیکی معاونت در طبقات اول ساختمان اداری دانشکده پزشکی در خیابان پورسینا بود که در 3 اتاق خلاصه می شد و تعداد پرسنل حدودا 20 نفر بودند تمامی قسمتها شامل دبیرخانه، نامه رسانی ، بایگانی، حسابداری، امورپژوهشی، انتشارات ،کتابخانه و روابط بین الملل و در طبقه سوم دفتر مدیر و معاونت قرارداشت.

پس از جناب آقای دکتر اسلامی در اواخر سال  1372جناب آقای دکتر غلامرضا پورمند بعنوان معاون پژوهشی انتخاب شدند و درسال 1374 معاونت پژوهشی و سایر واحدهای زیر مجموعه به خیابان دمشق پلاک 23 منتقل گردید. یکی از فعالیتهای مهم در قسمت انتشارات، تهیه و تدوین فصلنامه پژوهشنامه بود که تا پایان دوره تصدی آقای  دکتر پورمند که صاحب امتیاز این نشریه نیز بودند ادامه داشت . بعد از جناب آقای دکتر پورمند جناب آقای دکتر محمد قدسی بعنوان معاون پژوهشی منصوب گردیدند . ساختمان معاونت پژوهشی واقع در خیابان دمشق شامل 4 طبقه که طبقه همکف شامل ریاست امور اداری ، دبیرخانه ، تایپ و ماشین نویسی ، بایگانی و امور نقلیه بود . طبقه اول مدیریت روابط بین الملل مستقر بود . در طبقه دوم مدیریت کتابخانه مرکزی فعالیت داشتند وطبقه سوم به مدیریتهای امور پژوهشی و دفتر صنعت اختصاص داشت و طبقه چهارم نیز دفاتر مدیر امور عمومی و معاونت پژوهشی قرار داشت .

پس از آقای دکتر قدسی ، جناب آقای دکتر لاریجانی به سمت مقام معاونت پژوهشی منصوب گردیدند . در سال 1385 معاونت پژوهشی به ساختمان فعلی طبقه ششم ستاد مرکزی انتقال یافت . پس از جناب آقای دکتر لاریجانی جناب آقای دکتر فتوحی وپس از ایشان نیز جناب آقای دکتر یونسیان و در حال حاضر نیز جناب آقای دکتر صحرائیان عهده دار این سمت هستند.